Museum Sonobudoyo Yogyakarta memiliki koleksi manuskrip yang berharga dan menjadi sumber informasi sejarah serta budaya. Koleksi ini mencakup berbagai naskah bersejarah seperti Babad Tanah Jawa dan Babad Diponegoro. Selain itu, terdapat juga manuskrip yang ditulis di atas daun lontar, menambah keunikan koleksi yang dimiliki.
Untuk menjaga keutuhan manuskrip, museum telah melakukan digitalisasi terhadap koleksi ini. Pengunjung yang ingin membaca manuskrip tidak perlu mengakses fisik naskah secara langsung, melainkan dapat menggunakan komputer yang tersedia di lantai 2 ruang perpustakaan. Hal ini mempermudah pencarian dan pembacaan naskah sekaligus melindungi dokumen dari kerusakan.
Demi menjaga keaslian dan keamanan manuskrip, penggunaan kamera atau alat elektronik pemindai tidak diperbolehkan. Sebagai gantinya, perpustakaan telah menyediakan fasilitas pemindaian bagi pengunjung yang ingin mendapatkan salinan naskah. Jika membutuhkan kopi naskah, pengunjung dapat menghubungi petugas yang berwenang.
Dengan kebijakan ini, Museum Sonobudoyo berupaya untuk menjaga kelestarian manuskrip berharga sekaligus memberikan akses informasi bagi para peneliti dan pemerhati sejarah.