Museum Negeri Sonobudoyo sebagai salah satu Museum yang bersifat umum memiliki 10 (sepuluh) jenis koleksi yaitu :
1. Koleksi Geologi
2. Koleksi Biologi
3. Koleksi Etnografi
4. Koleksi Arkeologi
5. Koleksi Historika
6. Koleksi Numismatika
7. Koleksi Filologika
8. Koleksi Keramologika
9. Koleksi Senirupa
10. Koleksi Teknologi
Pengumpulan koleksi didapat melalui penyerahan dari masyarakat dengan system ganti rugi, hibah, pesanan, barang titipan.
Jumlah 10 jenis koleksi Museum Negeri Sonobudoyo dengan rincian sebagai berikut :
| Jenis Koleksi | Jumlah Koleksi |
|---|---|
| Koleksi Geologi | 48 |
| Koleksi Biologi | 39 |
| Koleksi Ethnografi | 12.257 |
| Koleksi Arkeologi | 2.143 |
| Koleksi Historika | 42 |
| Koleksi Numismatika | 29.744 |
| Koleksi Filologika | 1.205 |
| Koleksi Keramologika | 294 |
| Koleksi Senirupa | 14.263 |
| Koleksi Teknologi | 3.310 |
| Jumlah | 63.345 |
| Posisi pada bulan Mei 2021 | |
Dari data jumlah 10 jenis benda koleksi Museum Negeri Sonobudoyo sebanyak 63.345 buah :
Sudah Belum diinventarisir sejumlah 47.185 buah ( 74,48 % ) Belumdiinventarisir sejumlah 16.160 buah ( 25,51 % )
Koleksi yang dipamerkan pada ruang Pameran tetap di Museum Negeri Sonobudoyo unit I sebanyak 1.184 buah terdiri :
| Jenis Koleksi | Jumlah Koleksi |
|---|---|
| Koleksi Etnografi | 715 buah |
| Koleksi Arkeologi | 445 buah |
| Koleksi Nimismatika | 14 buah |
| Koleksi Keramologika | 7 buah |
| Koleksi Filologika | 3 buah |
Koleksi yang dipamerkan pada ruang Pameran tetap di Museum Negeri Sonobudoyo Unit II sebanyak 810 buah terdiri dari :
| Jenis Koleksi | Jumlah Koleksi |
|---|---|
| Koleksi Geologika | 38 buah |
| Koleksi Biologika | 31 buah |
| Koleksi Ethnografika | 304 buah |
| Koleksi Numismatika | 147 buah |
| Koleksi Filologika | 12 buah |
| Koleksi Senirupa | 161 buah |