Demi menjaga kesehatan bersama, salah satu fasilitas yang didapat ketika berkunjung ke Museum Sonobudoyo adalah Thermal Scan. Jadi sebelum masuk ke Museum Sonobudoyo akan dilakukan cek suhu badan para pengunjung. Pemeriksaan dilakukan oleh petugas security museum dengan menggunakan alat thermometer infrared. Apabila pengunjung yang memiliki suhu diatas 37,5° C, maka akan dihimbau untuk memeriksakan kondisinya, atau bisa dibawa ke unit kesehatan museum dan tidak diperkenankan untuk memasuki museum. Mekanisme ini merupakan salah satu upaya yang bisa dilakukan oleh Museum Sonobudoyo dalam rangka memerangi penyebaran COVID-19.