Dengan terjadinya bencana letusan Gunung Merapi pada bulan Oktober 2010. Museum Sonobudoyo telah mengalami sedikit penurunan jumlah kunjungannnya selama beberapa hari, mengingat selama kejadian itu para wasatawan mancanegara maupun wisatawan nusantara sedikit mengalami gangguan perjalanan untak dapat datang ke Yogyakarta.
Setelah Gunung merapi dinyatakan Turun statusnya, maka jumlah kunjungan Museum Sonobudoyo sudah dapat dikatakan normal kembali. dan harapannya akan dapat lebih banyak lagi didatangi wisatawan