Setelah bangsa kolonial dan pribumi saling memahami bahasa dan juga budaya satu sama lain, maka terbentuklah negara kolonial Hinda Belanda di Jawa pada awal abad XIX , dimana memiliki sebuah fokus dalam formasinya yaitu formasi kelembagaan kolonial. Bentuknya berupa pembentukan administrasi dan birokrasi dari struktur atas hingga bawah, lengkap dengan model pemerintahan yang akan diterapkan. Interaksi antara kekuasaan Barat dan pribumi pun mulai berkembang lebih politis dan ideologis, karena kekuasaan dagang yang telah bertransformasi pada kekuasaan Negara.
Pada tahun 1825 hingga tahun 1830 dimana terjadi Perang Jawa, yang merupakan ujian pertama yang dihadapi oleh kekuasaan colonial, yang bahkan belum lama berdiri itu. Sekalipun saat itu Belanda sudah memiliki pengalaman selama 200 tahun berkonflik secara fisik dalam peperangan dengan orang Jawa, namun karena Perang Jawa ini memiliki lingkup yang cukup luas sehingga mendapatkan dukungan masyarakat pribumi dari berbagai kelas.
Hal ini mengakibatkan Belanda harus menyelesaikan masalahnya setelah lima tahun dengan menguras begitu banyak dana serta korban nyawa. Dari kejadian inilah akhirnya menggugah kesadaran kolonial kearah pengembangan ilmu pengetahuan tentang Jawa.